Dans un écosystème naturel comme la forêt, le sol n’est jamais perturbé et il est protégé en permanence par un couvert végétal très diversifié, qui crée des conditions favorables (humidité, aération, température, substrat nutritif, etc.) pour une forte activité biologique. Plantes et organismes du sol très divers vivent en interactions, assurent une forte production de biomasse et remplissent diverses fonctions écosystémiques comme: la production de matière organique par photosynthèse, à partir de l’eau et du gaz carbonique;la protection du sol et la réduction du ruissellement par le couvert végéta  permanent; le recyclage des éléments nutritifs et de l’eau par les racines profondes; la fixation d’azote atmosphérique par les bactéries associées aux plantes (dans les nodosités des racines de légumineuses ou dans la rhizosphère); la  minéralisation  et  la  solubilisation  des  éléments  nutritifs  par  les  organismes  vivants  permettant  une alimentation régulière des plantes; l’enrichissement du sol en matière organique stable et la séquestration de carbone; l’aération du sol par les systèmes racinaires puissants;la régulation de la température du sol.