Le terme «biodiversité», contraction de «biologie al diversity», est proposé en 1988 par Wilson (Wilson et Peter, 1 988). Il fait référence à la variété des organismes vivants quelle que soit leur milieu d'origine et prend en compte les diversités intraspécifique, interspécifique et fonctionnelle. Il s'agit d'analyser, à différentes échelles, les relations entre les changements d'origine naturelle ou anthropique de l'environnement et les variations des diversités et d'en comprendre les déterminants écologiques. Il s'agit aussi d'analyser les problèmes de conservation d'espèces rares ou menacées et de proposer des solutions.
Les agriculteurs biologiques accordent la priorité absolue à la prévention de l’introduction et de la multiplication des mauvaises herbes. Les pratiques de gestion visent à garder la population de mauvaises herbes à un niveau qui n’entraîne pas une perte économique de la culture et ne nuit pas à sa qualité. Le but n’est pas de complètement éradiquer toutes les mauvaises herbes, car elles ont également un rôle à jouer à la ferme.