Bien qu’elles ne représentent que quelques pourcents de la masse des terres cultivées, les matières organiques (MO) du sol ont des rôles extrêmement importants à jouer : construction et stabilité de la structure, maintien ou augmentation de la capacité à retenir l’eau ou les éléments minéraux, etc. Les différents types de matières organiques influent sur ces propriétés, notamment en fonction de la texture des sols.
En Afrique orientale, la baisse de la fertilité des sols a entrainé une chute des rendements des cultures dans la plupart des petits exploitants agricoles, menant à l'insécurité alimentaire et à une pauvreté accrue. A travers toute la région, les sols sont généralement déficients en azote et phosphore, qui sont des éléments indispensables pour une bonne croissance des plantes.